米軍の掃海艇が四月初旬に沖縄県石垣市の石垣港への入港を狙っている問題で、赤嶺政賢議員は３月２５日の衆院外務委員会で、「入港の押し付けはやめさせるべきだ」と主張しました。
米側が入港を求めているのは、米海軍佐世保基地（長崎県）所属の掃海艇「パトリオット」と「ガーディアン」で、これまで石垣港に入港したことはありません。
赤嶺氏は、大浜長照・石垣市長が二十四日の記者会見で、入港に反対する理由に、同港が客船や貨物船、圏域離島を結ぶ定期船、漁船などの出入りで「県内一の過密状態」である点をあげていることを示し、外務省の認識をただしました。
外務省の梅本和義北米局長は「混雑している港だとは承知しているが、米艦船の入港は日米地位協定に基づき認められている」と答弁しました。
赤嶺氏は、「地位協定の規定があったとしても、政府は過去に、具体的な米軍使用については必要最小限にとどめるべきだと答弁している」「港湾管理者（市長）の見解は尊重すべきだ」と追及。
中曽根弘文外相は、「地位協定は、先に使用が割り当てられた民間船を排除してまで米軍船舶を優先させるのが当然とはしていない」と述べながら、「（米艦船入港を）理解してほしい」と答えました。
赤嶺氏は入港は、「使用実績のない港湾の軍事利用を拡大するためのもので、住民のくらしを押しのけた理不尽な要求だ。だから県民は地位協定を見直せといっている」と批判しました。(２００９年３月２７日（金）「しんぶん赤旗」)